不过，征求意见稿再次引发了由来已久的保健食品监管问题，即是否废除蓝帽监管体系。在保健食品领域，“蓝帽”就是通行证，象征着质量过硬。正规的保健食品都会在产品外包装盒上，标有天蓝色、形如“帽子”标志，下方标注出该保健食品的批准文号。

　　据中国保健协会理事长、中国卫生监督协会会长张凤楼介绍，截止2012年，我国已经批准的“蓝帽子”申请一共是12400个，规模化的生产企业有2900家，产值达到2600多亿，每年仍以13%以上的速度在发展。

　　然而，“蓝帽”制度被质疑存在“重审批轻监管”的问题。杨先生指出，那些所谓通过“合法”途径取得的蓝帽子，也经不起查，保健食品几乎成了无所不能的“神药”，非法添加严重。

　　“蓝帽”制度还被质疑“劳民伤财”。行业统计数据显示，有些企业报批“蓝帽子”的各种费用超过1000万元，过去15年各个商家为审批“蓝帽子”所花的费用累计超过50亿元。昂贵的审批费用和时间成本，使中国成为全世界保健食品行业准入门槛最严格、成本最高的国家。

　　针对此，国家食药监局保健食品与化妆品监管司司长童敏此前在接受媒体采访时表示，正研究对部分申报的保健食品在总量控制的前提下实施“备案制”，以简化审批程序、节约行政成本。

　　“意见稿推行纯蓝帽管理机制是一种倒退，应当取消‘蓝帽’，与发达国家的监管体系接轨，为行业发展松绑。”张咏表示，在“蓝帽”的监管体系下，一直存在“重审批轻监管”的弊病，这是保健行业混乱的原因之一。

　　也有专家表示，国外并无保健食品一说，要不是药品，要不就是普通食品。他认为，应该取消保健食品这一分类，直接按照普通食品进行管理。针对“如果没有‘蓝帽’，监管将更加艰难”的担忧，杨炯认为这完全不必担心，一方面药监部门要加强监管，加重处罚力度;另一方面可学习欧美，采取备案制、问责制，谁生产谁负责。

　　发改委公众营养发展中心于小冬主任接受媒体采访时则指出，要想实现保健品市场的有效监管，一方面不能指望政府一手包揽所有的事情，消费者要积极、主动的参与监督及获取科学的营养补充知识;另一方面，保健品审核方面更应该针对成分物质而不是成品进行功能、安全性方面的检测审批，如此才能尽快与国际接轨，促进中国营养品行业的发展。