本届进博会市场监管保障重点是冷链食品的疫情防控。
第三届进博会冷链食品贮存、运输、加工分装等环节的疫情防控，成为大众普遍关注的问题。
10月19日，上海市市场监管局一级巡视员张准民接受解放日报·上观新闻记者采访时表示，出于严防严控疫情等原因，去年受欢迎的三文鱼、金枪鱼等进口冷链食品的试吃今年将暂停。
本届进博会市场监管保障工作，冷链食品的疫情防控是重点之一，《第三届中国国际进口博览会冷链食品疫情防控专项工作方案》及《第三届中国国际进口博览会新冠肺炎疫情防控相关食品安全保障技术指引》均强调严把冷链食品关。
张准民表示，针对展品中的进口冷链食品，在海关已经检验检疫的前提下，冷链食品将专车专运，送入指定仓库集中摆放，市场监管部门已会同商务委明确了相关方案。届时，进口冷链食品展品将分批入库、集中进馆，进馆前后还要再次索证索票，并对包括内容物、外包装等在内的食品及食品相关产品进行核酸抽检。
对于涉及进口冷链食品的进博会餐饮企业包括接待酒店等，监管部门将严控其食品来源，进行核酸抽样检测，涉及食品的相关人员将严格管理。提倡这些单位尽量使用国产的冷链食品。
根据上海市市场监管局今年下发的《关于做好进口冷链食品疫情防控工作的提示》，食品运输企业在进口冷链食品运输过程中不得擅自开箱，每批次食品运输完毕后，应当对车辆和食品冷藏箱内外壁实施全面消杀。如冷链运输车辆非食品专用，在运输食品前应对车辆进行一次彻底消毒。
冷冻库经营企业在进口冷冻(藏)食品入库前应对食品外包装实施消杀处理，并定期对冷冻库进行清理和消毒。
企业应当严格落实食品安全信息追溯管理，将采购、销售的进口冷链食品等相关追溯信息，按要求上传至上海食品安全信息追溯平台。企业也可以从食品安全信息追溯平台打印追溯单，随货同行。
企业应当加强从业人员防护管理，根据新冠肺炎防控及消毒方法的原理和操作规程，加强各环节从业人员的个人防护，特别是手部卫生，防止加工环境与从业人员产生交叉污染，并落实从业人员健康管理制度，做好上岗前健康检查记录，做好异常情况的应急处置和报告。
