2013年3月1日，贵州百灵发布了2012年年报。其经营性现金流量净额的数字，已经从上市前(2009年)的1.25亿锐减至2012年的1925万，较上年同期的2.02亿元减少了90.33%。同时2012年年末仍有10.9亿元的流动负债。对此贵州百灵在年报中解释道，这是由于2012年应收票据、存货有所增长，应付票据和应付账款有所减少，再加上应交税费支付较多所致。

　　更让投资者担忧的是，2012年贵州百灵的盈利增速出现了大幅放缓。这个数字在2010年是41.67%，2011年31.72%，而2012年只有6.42%。从绝对数来讲，全年实现2.22亿元净利润，未达到年初制定的目标2.4亿元。

　　分析人士认为，在贵州具备传统优势的药品市场里，竞争日益激烈，另外，中西药复方制剂争议，未来会使公司不得不将相关主打产品可能存在的政策性风险列入考虑。

　　医药行业人士称，不论未来是回归主业还是继续坚持全面撒网、四面出击的战略，对贵州百灵眼下的现金流而言，都并不那么乐观。

　　贵州百灵董秘牛民接受新京报记者采访时表示，公司的战略很明确，一直都是致力于打造苗药龙头企业。相关的布局都是为此提供基础。“生物化肥是变废为宝的项目，是产业链向下游延伸的性质，不是什么不务正业。”