建设现代生态农业不可能一蹴而就，需要经过长期不懈努力方能建立起生态大农业与生物质能源循环互动机制。因此，必须加强顶层设计，做好路线图。在不断提高先进科技供给能力的基础上，大体上可分为四步走：第一步，初步生态化阶段，即以生态手段部分地取代化学手段，增加有机肥用量，减少化肥和农药用量，开发和推广碳酸盐肥料、微生物肥料，解决化肥和农药污染的突出问题，建立高端生态农业示范点。第二步，基本生态化阶段，即以生态手段为主，从各方面大幅度减少或部分取代化学肥料和农药，实现有机农业、低碳农业，建设大面积高端生态农业示范田。第三步，全面生态化阶段，即以高端生态技术彻底取代化学手段，形成高端生态农业的新结构，全面实现高产、高效、优质、安全的目标，使古老的农业成为新兴产业。第四步，高端生态化阶段，彻底实现生态革命。这“四步走”可作为全国的路线图，各地在实施中可因地制宜，重点区域率先突破。