如果使用转基因生物的目的是对另一种生物（一般称为“目标生物”）进行直接（如抗虫）或间接（如抗除草剂）的伤害，就等于是对该目标生物的基因型进行一种选择，从而使目标生物朝向抵抗伤害的方向进化。这就是人们常说的选择压力。也就是说，目标生物中，能被杀死的都被杀死了，只剩下杀不死的。结果就是使原本在群体中并不占优势的抗性基因型变成了优势基因型。该转基因的表达强度越高，表达的时间越长，该转基因生物的群体越大，这种选择力度就越大，具有抗性的目标生物就会越早出现。

例如，Bt杀虫剂在Bt转基因棉花问世以前就在棉田使用了很多年。但由于成本原因，施洒强度有限，没有对棉田周围生物多样性造成明显影响。

但是，在Bt（Cry1Ac)棉花于生产上大规模应用六年后，在美国的密西西比和阿肯色州的数十个Bt棉田里，就陆续发现该Bt蛋白杀不死的螟蛉虫。而且，这些抗Bt的螟蛉虫的群体增长迅速，很快就蔓延开来。在印度古吉拉特邦的Bt棉田里，2010年也出现了抗Bt的螟蛉虫。

另外，毒杀西部玉米根虫的Bt（Cry3Bb1)转基因玉米，在美国爱荷华州和伊利诺伊州一些农场连续种植三年后，田里就出现了Bt蛋白杀不死的西部玉米根虫。同样，近年来在美国不少地方，抗除草剂的“超级杂草”也因大量施洒同一除草剂，而在连续几年种植抗除草剂转基因大豆或棉花的地里出现。