改革开放后，我国淡水渔业在经历了一个时期的快速发展以后，生产能力稳步提高，基本上实现了供应充裕，使“吃鱼难”问题得到解决。进入新的发展阶段，我国淡水渔业发展仍面临基础条件薄弱，支撑体系薄弱，产业内各环节发展不平衡，产业化程度不高，社会化服务水平低，生产经营方式、管理体制等不适应现代渔业发展需要等问题。这些对淡水渔业的持续稳定发展形成了明显制约。

　　发展基础条件薄弱

　　发展基础条件薄弱，是我国淡水渔业发展面临的突出问题。

　　资源环境制约

　　我国淡水养殖模式众多。在发展方式上，目前大部分地区仍属于主要依赖扩大水面资源规模来实现产量增长的模式。随着国家耕地保护、城市化和工业化推进，水土资源短缺的形势趋于严峻。我国水域环境污染较严重，并继续呈恶化趋势，对水产养殖构成严重威胁。提升单位面积水域的产出率，是未来水产养殖业发展的唯一道路。

　　总的来看，在资源环境约束和外部环境改变的双重挑战下，现有水产养殖模式必须适应节地、节水、减排等多方面的迫切需要而进行转型。

　　基础设施落后

　　淡水养殖基础设施主要涉及池塘及配套的水电路涵桥闸等附属设施，也包括陆地工厂化养殖车间土建及其配套设施等。目前，基础设施条件薄弱，是我国淡水养殖业面临的重大制约。我国有3700多万亩养殖池塘，其中急需改造的主要承担大宗淡水鱼类养殖的池塘近1000万亩。一些标准塘原来水深2.5米~3米，目前水深只有1米~1.5米。养殖场池塘老化、设施落后、进排水不合理导致病菌滋生病害多发、综合生产能力显着下降。2009年，产业经济研究室对1359个样本户的调查表明，有超过一半的水产养殖户认为渔业基础设施及其配套设施建设落后制约了水产养殖业的可持续发展。

　　其次，市场基础设施建设滞后。近年来，由于建设投入水平仍较低，市场的水电路、场地、排污等基础设施落后，批发市场普遍达不到环保要求，影响了市场功能充分发挥。城乡零售市场“以街为市、以路为集”的特点明显，农村市场硬件条件更为落后，缺乏政府投资。根据调研，批发市场缺乏现代电子技术手段，没有电子化记录台帐，食品安全信息公示仍以市场公告栏为载体。总的来说，现有的水产软硬件配套水平满足不了信息采集、传播、共享的需要。

　　第三是物流条件有待改善。国外生鲜产品从采收——商品化处理——运输——贮藏——销售整个过程基本在冷链（冷藏库或气调库）中进行，物流成本可以控制在销售成本的10％左右，超市生鲜农产品经营的毛利在20％左右。目前，我国进入冷链系统的水产品仅为20％左右，水产品在流通环节成本高、损失大。经纪人调查显示，目前的淡水鱼运输方式以活鱼运输为主，占95.3％，冷链运输的比例仅为2.37％，鲜活水产品流通成本占销售成本的60％，直接影响经营利润。

　　第四，推广机构基础条件差。据产业经济研究室调查，省以下的水产品质量安全检测机构、病害防治机构建设、良种场建设等都存在急需投入的情况。服务手段不足直接影响基层的品种改良、病害防控、适用技术培训和品牌建设等工作。

　　品种繁育体系尚不健全，种质退化问题严重

　　一是优质种苗供应不足。一段时间里，我国对大宗淡水鱼优质水产种苗的生产和开发重视不够、投入不足，加上大宗淡水鱼成熟周期长，育种工作耗时长，科研人员盯着经济价值高的鱼类，导致“四大家鱼”良种生产能力不足，亲本数量过少，严格选择不够，长期近亲繁殖，造成种质退化，直接影响养殖产量，造成养殖成本增加。

　　二是没有建立和完善大宗淡水鱼原种、良种、繁殖场等三级体系。种苗场准入条件过低，更没建立完善的种苗准入制度。不少种苗场缺乏严格的科学管理，操作规程不规范，造成苗种质量低和种质退化。种苗质量不高，在高密度养殖过程中极易爆发疫病。

　　三是野生种质资源面临威胁。过度捕捞和生态破坏对野生种质资源的破坏十分严重，一些鱼类的产卵场消失，自然界中的水生动物种类与种群数量减少，许多优良性状退化，濒危物种增多，对遗传多样性造成影响。

　　水产饲料供应不足，蛋白质来源严重不足

　　在我国，随着人口增加和消费结构的改变和饲料工业规模的扩大，饲料粮短缺已经成为常态，豆粕、玉米等原材料将越来越依赖进口，资源缺乏是困扰我国饲料工业持续发展的重大问题。我国水产配合饲料使用率较低，作为饲料重要蛋白源的鱼粉年产量不高，且质量不稳定，鱼粉来源紧张，需要大量进口。已做饲料源使用的各种饼粕类以及肉骨粉、羽毛粉、肝末粉、血粉等的开发技术储备不足。由于缺乏原料，水产饲料业的发展受到根本性制约。

　　专用性、绿色渔药匮乏，用药不规范现象普遍

　　目前，我国渔药市场上品种混杂，但专用性产品很少。不同地区养殖用水与土壤的含氧量、酸碱度、矿物质含量等理化指标差异对药效影响明显，因此，要求渔药必须具有针对某类鱼病和某些区域水质的专用性品种。养鱼户希望渔药高效、低残留、价格合理，也希望渔药易于使用、符合当地养殖水质与渔业生产习惯。

　　目前，水产养殖中用药不科学、不规范的现象仍大量存在。我国在制订残留限量、休药期、给药剂量等方面的资料缺乏，是导致渔药使用不规范的一个原因。

　　产业体系尚不健全

　　我国淡水渔业仍然带有明显的传统农业特征，呈现“中间大，两头小”的橄榄型特点，即养殖业产业规模大，饲料业、加工业等发展滞后，市场流通体系不完善，产业化整体水平较低，制约着产业体系作用的发挥和效果的显现。

　　产业链各环节分割，利益联结机制未建立

　　目前，淡水渔业产业链条已经形成制种、供种、饲料、生产、加工、流通等相对独立的体系。各个环节之间目前多为纵向的简单商品经济关系，联系比较松散，结成利益共同体的情况不多见。由于没有形成“利益共享，风险均沾”的利益联结机制，产业链条各环节不能共同承担市场风险，产业化组织优势难以发挥。因此，饲料价格攀升、品种品质不稳、加工产品不适应消费市场需求等等问题的出现就会随之传导到水产养殖业环节，供求问题随之产生。

　　加工业发展薄弱

　　我国水产加工企业整体实力不强，加工水平较低，带动农产经济和区域经济发展的能力不强，影响“龙头”导向作用和带动作用发挥。目前，我国淡水加工企业中规模以上企业不多，加工淡水产品的企业多为中小企业。淡水鱼加工产品以初级加工为主，精深加工、技术含量高的产品少，不能满足多样化需求。在有些主产县，甚至没有水产加工企业，养殖生产受市场波动影响十分大。我国淡水产品基本上是以鲜销为主，2012年用于加工的淡水产品为323.34万吨，占我国淡水产品总量的14.1％。淡水鱼加工品仅占总产量的3％左右。